為了保證無塵車間(廠房)內的塵粒控制在無塵車間(廠房)潔凈等級所要求的塵粒數以內，一般在凈化空調系統中使用三級或四級空氣過濾器，來擋截進入無塵車間(廠房)氣流中的塵埃粒子。
凈化空調系統中所使用的空氣過濾器，按其空氣過濾的效率分為四種，即初效過濾器、中效不定期濾器、亞高效過濾器和高效過濾器(有些房間的潔凈度記于100級，如10級無塵車間，其凈化空調房間還要使用超高效過濾器)。
初效空氣過濾器的濾塵對象主要是大于10um塵粒，其計數效率(對于0.3um的塵粒)小于20%,空氣阻力小于30Pa。
中效過濾器的濾除對象是1~10um的塵塵粒，其計數效率(對于0.3um粒徑的塵粒)為20%~90%，空氣阻力小于100Pa。
亞高效空氣過濾器的濾除對象主要是小于5um的塵粒，其計數效率(對于0.3um粒徑的塵粒)為90%~99.9%，其空氣阻力小于150pa。
高效空氣過濾器具濾除對象主要是小于1.0um的塵粒，其計數效率(對于0.3um粒徑的塵粒)大于99.97%，空氣阻力小于250Pa。
凈化空調系統中，所使用的空氣過濾器是在系統設計時，按照各級過濾器的額定風量，空氣阻力和過濾效率進行組合選型的。同時初效過濾器和中效過濾是根據過濾的風量和過濾的濾料的濾速來確定過濾器的尺寸。初效空氣過濾器空氣通過濾料的濾速為0.4~1.2m/s，中效空氣過濾器空氣通過濾料的濾速為0.2~0.4m/s，高效空氣過濾器空氣通過濾料的濾速為0.01~0.03m/s。
在空氣過濾器的組合方面，以初、中、高三級空氣過濾器相組合的方式，一般用于10萬級到100萬級的無塵車間，對于1萬級到100級的無塵車間，其凈化空調系統也有使用初、中、中、高四級空氣過濾器的組合方式，或使用初、中、亞高效、高效四級過濾器的組合方式。在四級空氣過濾器的組合中，增加的第三級中效或亞高效空氣過濾器的目的是為了提高凈化空調系統的送風潔凈度，延長末端空氣過濾器的使用壽命，減少其更換的次數。
