潔凈室為減小通風及空氣調節系統噪聲，設計中需注意選用高效率、低噪聲設備；風管內風速選用，總風管為6m/s-10m/s，無送風、回風口的支風管為4m/s-6m/s，有送風、回風口的支風管為2m/s-5m/s。通風及空調設備應帶有減振、隔振裝置，必要時需設隔振器和減振基礎，設備與風管和配件的連接應設有柔性接管；風機和設備進出風口處的風管不宜急劇轉彎、變徑，必要時彎頭等處應設倒流葉片；風道及閥門等通風構件要有足夠的強度，以避免或減低所引起的氣流噪聲和振動；盡可能降低系統總阻力。
房間的壓差取決于房間的送風與回風、排風量之差，要使房間的壓差保持穩定，首先要使送入和排出房間的風量保持恒定，具體做法較多，如在總風管上設微差壓傳感器，當風量發生變化時，即可通過變頻器改變風機轉速，使總風量保持不變；在進出房間的風管上設定風量閥，使進出房間的風量恒定不變，也可采用在潔凈室內設壓差傳感器，當房間壓差值偏離時，自動調節設在排風管上的變風量閥，以使室內壓力保持穩定；可引入分區控制，在保證系統核心區域穩定的情況下盡量節省投資。應在潔凈室工程中避免影響或改變房間壓差的做法，如在同一凈化空氣調節系統中，對個別房間進行排風、回風的切換或間歇性使用潔凈室排風系統，如隧道烘箱、干熱滅菌柜等工藝設備的排風，而不采用任何措施進行房間壓力保護等，這些做法都會破壞房間的空氣平衡而使房間壓力發生變化。中凈環球凈化可提供潔凈室、潔凈廠房的咨詢、規劃、設計、施工、安裝、改造等配套服務。
各質量控制實驗室空氣調節系統的設置既要滿足工藝要求和布置的靈活性，又要防止各實驗室之間通過空氣系統產生相互干擾或交叉污染；微生物限度檢查室、抗生素微生物檢定室的空氣需直排，不能利用回風；放射性實驗室的空氣不應回風循環，且室內空氣經高效過濾器凈化后直排室外；陽性對照實驗室送風、排風系統的設計應綜合考慮實驗條件，當操作涉及有害物料時，一般應在生物安全柜、隔離設備等能有效控制氣體外泄的設備中進行，否則應采用全新風系統，其排風系統的設置應根據陽性對照實驗室的生物安全級別，經過評估來確定是否需經高效空氣過濾器凈化處理后排至大氣。對于有全排風要求且合用同一凈化空氣調節系統的實驗室，應設有正壓氣鎖，使實驗室保持相對負壓，并設有壓差監測裝置，防止室內空氣外泄；合用一個排風系統的，需在各自的排風管路上設防倒灌措施，防止各功能實驗室在停運時相互干擾。
